Parsimony, Phylogeny, and Genomics

图书简介

Parsimony analysis (cladistics) has long been one of the most widely used methods of phylogenetic inference in the fields of systematic and evolutionary biology. Moreover it has mathematical attributes that lend themselves for use with complex, genomic-scale data sets. This book demonstrates the potential that this powerful hierarchical data summarization method also has for both structural and functional comparative genomic research.

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Preface; 1 Victor A. Albert: Parsimony and phylogenetics in the genomic age; The philosophy of parsimony analysis, including comparison with model-based approaches; 2 Arnold G. Kluge: What is the rationale for ?Ockham?s Razor? (a.k.a. parsimony) in phylogenetic inference?; 3 Elliott Sober: Parsimony and its presuppositions; Parsimony, character analysis, and optimization of sequence characters; 4 Brent D. Mishler: The logic of the data matrix in phylogenetic analysis; 5 Ward C. Wheeler: Alignment, dynamic homology, and optimization; 6 Jan De Laet: Parsimony and the problem of inapplicables in sequence data; Computational limits of parsimony analysis: from historical aspects to competition with fast model-based approaches; 7 Jerrold I. Davis, Kevin C. Nixon, Damon P. Little: The limits of conventional cladistic analysis; 8 Pablo A. Goloboff, Diego Pol: Parsimony and Bayesian phylogenetics; Mathematical attributes of parsimony; 9 Mike Steel and David Penny: Maximum parsimony and the phylogenetic information in multi-state characters; Parsimony and genomics; 10 David A. Liberles: Using phylogeny to understand genomic evolution; 11 Igor Rogozin et al.: Dollo parsimony and reconstruction of genome evolution; References; Index

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Parsimony, Phylogeny, and Genomics 发育生物学，古生物学

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