Computing for Biologists:Python Programming and Principles

图书简介

Specifically designed for life science students with no prior computing experience, this textbook teaches computational problem-solving along with Python programming skills. The chapters cover three key tools ? gene finding, sequence alignment and phylogenetic methods. An accompanying website features numerous integrated exercises, equipping students with the skills to write programs independently.

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Preface; Meet python; Part I. Python versus Pathogens: 1. Computing GC content; 2. Pathogenicity islands; 3. Open reading frames and genes; 4. Finding genes (at last!); Part II. Sequence Alignment and Sex Determination: 5. Recursion; 6. The use-it-or-lose-it principle; 7. Dictionaries, memoization, and speed; 8. Sequence alignments and the evolution of sex chromosomes; Part III. Phylogenetic Reconstruction and the Origin of Modern Humans: 9. Representing and working with trees; 10. Drawing trees; 11. The UPGMA algorithm; Part IV. Additional Topics: 12. RNA secondary structure prediction; 13. Gene regulatory networks and the maximum likelihood method; 14. Birds, bees, and genetic algorithms; Where to go from here; Index.

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Computing for Biologists:Python Programming and Principles 遗传学

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